Výskumná činnosť ústavu je zameraná na prevenciu chronických chorôb moduláciou ekosystému tráviaceho traktu využitím probiotických mikroorganizmov a bioaktívnych látok naturálneho pôvodu. Získané poznatky v rámci riešenia výskumných projektov sa využívajú pre vývoj modulačných prípravkov, ktorých aplikácia zefektívni prevenciu a terapiu srdcovocievnych, nádorových chorôb a alergií.

Ústav umožňuje študentom, doktorandom a zamestnancom LF a ostatných fakúlt UPJŠ vykonávať špecializované laboratórne vyšetrenia pri riešení vedeckých tém v rámci ŠVOČ, diplomových, dizertačných a atestačných prác.